过滤网只是一种简单的物理过滤作用，清楚大于一定大小的固体物质。而蛋白分离器不是过滤器，而是一台简单的机器；蛋白分离器能添加水中的溶氧量，而过滤网不可。 当然了，蛋白分离器也会氧化水中的微量元素，如铁、钼、锰等主要的微量元素，然后导致盐分的损失；别的，如果是淡化海水的话，海水被雾化后会无孔不入，且腐蚀性很强； 同时，水中也富含一些蛋白质分离器所不能分解的物质，包含血浆蛋白之类的蛋白质，以及氨基酸中蛋白素的某些成分。一般蛋白质分离器只能铲除30%到50%的物质。若要蛋白质分离器愈活泼，它所需要的动力就愈多。 而过滤网的作用只与水里不溶性颗粒的大小有关。 还有一点，如果是鱼缸里的水净化的话，主张还是用蛋白质分离器，由于鱼儿在代谢是会发生一些可溶性废物，过滤网是无法铲除的。